臺北市政府性別平等教育委員會置執行秘書一人，由臺北市政府教育局副局長兼任；置副執行秘書一人，由臺北市政府教育局綜合企劃科科長兼任，約聘人員一人，負責幕僚聯繫及處理有關業務，並依業務需要分設四個工作小組（由本市各級學校承辦）：

1. 政策小組：研擬臺北市性別平等教育相關法規、政策及各學層年度宣導月實施計畫等業務。
2. 教學與課程小組：推動性別平等教育之課程、教學、評量及相關問題之研究發展，及辦理臺北市政府教育局所屬學校教育相關人員之在職進修，以充實現場第一線教師之性別平等教育相關知能外，另依學層組成資源中心及重點學校提供相關資源。
3. 防治小組：提供臺北市政府教育局所屬學校、社教機構性別平等教育相關事項之諮詢服務及調查、處理與性別平等教育法有關之案件，及辦理臺北市政府教育局所屬學校教育相關人員及本府相關人員之在職進修外，並再依性質分設法規組、諮詢組、培訓組、資料組，積極推動防治教育工作。
4. 社教小組：負責推動性別平等之家庭教育及社會教育為主，並由臺北市政府相關局處及臺北市政府教育局所屬社教機構（含教師在職培訓機構）共同推動本市性別平等（教育）。

組織架構圖如下：