性別平等教育的課程目標，主要著重於認知、情意、行動三層面，在認知面，藉由瞭解性別意義、性別角色的成長與發展，來探究性別的關係；在情意面，發展正確的性別觀念與價值評斷；在行動面，培養批判、省思與具體實踐的行動力。整合三個層面，可以推衍出以下六項課程目標：

(1)瞭解性別角色發展的多樣化與差異性。
(2)瞭解自己的成長與生涯規劃，可以突破不同性別的社會期待與限制。
(3)表現積極自我觀念，追求個人的興趣與長處。
(4)消除性別歧視與偏見，尊重社會多元化現象。
(5)主動尋求社會資源及支援系統，建構性別平等之社會。
(6)建構不同性別和諧、尊重、平等的互動模式。