追溯這波教改運動中，行政院教育改革審議委員會在一九九六年率先將性別平等教育的主張注入教改理念；然而隨著國內性侵害犯罪率遽升所帶來的社會民意壓力。立法院三讀通過「性侵害犯罪防治條例」，並於民國一九九七年一月二十二日公佈實施，教育部也於同年三月成立性別平等教育委員會，學界對於性別平等教育的工作，也較過去有更多的關注與論述。而隨著整個社會對性別議題的逐漸重視，性別平等教育必須脫離初期理念或概念宣示的階段，轉而進入課程改革的實踐，並藉著擬訂國民中小學課程綱要讓性別平等教育的理念得以往下紮根。
而所謂性別平等教育(gender equity education)的意涵，「性別」(gender)，其意為由生理的性衍生的差異，包括社會制度、文化所建構出的性別概念；而「平等」(equity/fairness)除了維護人性的基本尊嚴之外，更謀求建立公平、良性的社會對待。「性別平等教育」的推動，即是希望透過「教育」的歷程和方法，使「不同性別」都能站在公平的立足點上發展潛能，不因生理、心理、社會及文化上的性別因素而受到限制，更期望經由教育上的性別平等，促進男女在社會上的機會均等，而在性別平等互助的原則下，共同建立和諧的多元社會。
性別平等教育的推動，必須建基於對多元文化社會所產生的覺知、信念與行動，希望在文化多元的社會和交互依賴的世界中促進文化的多元觀，並希望透過持續不斷的反省實踐，教導學生熟悉自己的文化，認知自己和他人在文化脈絡的存有，並且能夠培養自尊自信。基於對多元文化與多元價值的肯定，協助學生認知文化的多樣性，教導學生瞭解團體成員之間彼此如何形成價值、態度與行為，並且引導學生破除性別歧視、偏見與刻板化印象，以促進各族群的和諧共處。
我國教育部於民國八十七年九月三十日公佈「國民教育階段九年一貫課程總綱綱要」，決議將資訊、環境、性別、人權等重大議題融入七大學習領域中﹙教育部，民87﹚。並於八十九年九月三十日正式公布「性別教育」為重大議題之一。其後基於社會需求與教育政策的推動，民國九十三年六月二十三日總統正式公布「性別平等教育法」通過實施．因此「性別教育」正式更名為「性別平等教育」，而國內各級教育單位所設立的「性別平等教育委員會」也正名為「性別平等教育委員會」。此次將性別平等教育的理念與內涵，在這一次課程改革中融入國民教育階段九年一貫課程綱要中，並發展適宜各階段的性別平等教育學習能力指標，其目的就是體現多元文化教育理念。
國民教育階段的「性別平等教育」的核心能力應包含「性別的自我瞭解」、「性別的人我關係」、「性別的自我突破」，三項核心能力的基本意涵分別解釋如下：
性別的自我瞭解：瞭解性別在自我發展中的角色。
性別的人我關係：探討性別發展與社會文化互動的關係。
性別的自我突破：建立和諧、尊重、平等的性別關係。
性別平等教育的實施，除了將理念內涵與能力指標解讀並轉化為各學習領域的知識內涵外，希望各教科用書出版業者在編撰各學習領域教科用書與進行課程設計之際，能根據上述理念，均衡呈現多元性別文化、不同性別的活動與貢獻、性別均等分工等內容，消極方面希望能達成消除性別偏見、強調性別尊重態度，並能對性別角色抱持均等的社會期待，積極方面更希冀能廣泛落實性別平等教育的概念與內涵。
在學校方面，除了建構性別平等的學校文化與環境，持續不斷的推動性別平等教育的專業發展，以建立教師性別意識外，對於課程、教學與評量最重要的執行者--教師，宜培養無性別歧視觀，一方面能編選具有性別均等的教材，另一方面更能澄清與修正教科書中的性別意識形態，並且在發展學校本位課程時，透過在各學習領域的基本教學時數與彈性學習時間的運用，將性別平等教育議題的能力指標融入並轉化於各學習領域的教學實踐中。